❶ 如何讀懂微生物測序數據質量
如何讀懂微生物測序數據質量
宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能注釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究，探索微生物與環境及宿主之間的關系，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。
❷ 請問有誰做過微生物宏基因組測序，公司反饋回來的數據都包含哪些，通常一個樣得多少錢
數據內容：
1，原始的fastq文件。
2，數據分析報告：1，數據的質控 2，序列的拼接及拼接效果評估 3，對拼接contig序列的注釋
4，基因的豐度分析，門綱科目屬種的豐度分析 5，樣本之間差異gene的分析
6，差異基因的功能分析（GO，pathway等） 7，樣本間差異顯著的物種分析
8，如果樣本比較多可以組微生物類群結構分析。
價格方面可以私信我留個郵箱，我可以發你一些資料和價格。
❸ 基因測序、合成這類工作怎麼樣啊
可以做課題啊，合成測序都可以啊，有幾個公司挺好的，比如說北京三博遠志啊。。該公司就是專門做合成測序，及基因工程課題服務的，而且在業界都有好口碑的，你可以上他們公司網站看一下。
❹ 第三代基因測序好嗎，哪一個公司中國做的比較好
現在第三代測序儀做的最好的是PacBio儀器（現在已經被illumina收購了），國內也有一些公司使用的PacBio，比如希望組，目前三代測序儀主要用於微生物領域測序，在人測序這一塊大家還是比較信任二代測序的，但是三代測序讀長比較長和測序速度更快，很有發展前途！
❺ 微生物的基因測序已經完成了多少種
目前已經完成基因組測序的三大類微生物主要是
1、細菌,例如大腸桿菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌等
2、真菌,例如釀酒酵母、黑麴黴、產黃青黴、粗糙脈胞菌
3、病毒,T噬菌體、170
❻ 微生物基因組測序的技術指標是什麼
微生物基因組測序按測序精度大致可以分為框架圖、精細圖和完成圖三類。框架圖要求基因組覆蓋度大於95%，基因區覆蓋度達到98%以上，單鹼基錯誤率低於十萬分之一；精細圖要求基因組覆蓋度大於98%，基因區覆蓋度達到99%以上，單鹼基錯誤率低於十萬分之一，gap數不超過100個；完成圖要求完整基因組序列，單鹼基錯誤率低於十萬分之一，gap數不超過5個。
❼ 通過保守序列測序來鑒定微生物，可靠性有多少
二代測序在微生物研究中使用的頻率越來越高了，通過16S rDNA測序可以得到微生物基因組的序列信息，通過序列比對即可鑒定出微生物的種屬，從而進行後續的分析。今天我們就來聊一聊16S rDNA測序是如何鑒定微生物到種的！
1.什麼是 16S rDNA？
細菌rRNA（核糖體RNA）按沉降系數分為3種，分別為5S、16S和23S rRNA。16SrRNA為核糖體的RNA的一個亞基，16SrDNA就是編碼該亞基的基因。16S rDNA因其序列在物種間的高度多樣性，成為細菌分類學研究的「分子鍾」，素有「細菌化石」之稱。16S rDNA基因全長1542 bp，由9個可變區和10個保守區組成。其中保守區反映了生物物種間的親緣關系，而可變區則表明物種間的差異，且變異程度與細菌的系統發育密切相關。
圖16S rDNA基因組成（灰色為保守區，綠色為可變區）
2.什麼是 16S rDNA測序？
在細菌基因組中，編碼 16S rRNA 的 rDNA 基因具有良好的進化保守性，適宜分析的長度（約為1.5kb），以及與進化距離相匹配的良好變異性，所以成為細菌分子鑒定的標准標識序列。16S rDNA測序即是對16S rDNA特定可變區（可選擇單可變區或是多可變區）進行PCR擴增，再結合高通量測序和生物信息分析，幫助研究人員進行大規模鑒定群落組成，表達豐度，以及開展系統進化分析的方案。該方案因其無需分離培養細菌，實驗操作簡單，並可大規模鑒定特定生境中全部菌群而成為研究微生物群落多樣性的首選方案。
3.16S rDNA測序如何鑒定微生物到種？
聯川基於最新版Greengene和自建資料庫以及V3、V4雙可變區擴增測序，並配合自主開發的數據分析程序可以將菌群鑒定到分類學上「種」的級別（目前最多可鑒定4414個種，覆蓋2106個屬，可鑒定菌種持續更新中......）。
(圖片僅供參考)
4.微生物鑒定到種的意義？
在醫學研究中，將菌群鑒定到種的級別具有重要的臨床應用價值，因為這不僅可以鑒定出某種傳染病的關鍵致病菌種，還可以幫助臨床醫生選擇適合的抗生素，以及確定治療持續的時間和制定傳染控製程序。
在農業生產中，牲畜、農作物的生長既離不開與菌群的共生作用，也時常受到多種不同病菌的侵染而影響發育，減產，甚至造成死亡，如鑒定出引起某一病害的關鍵或是佔主導的菌種，縮小致病菌范圍，將顯著促進開發出更有針對性的控制策略。
❽ 基因測序有什麼優點
基因就是DNA大分子的一個片斷。核酸分為DNA（脫氧核糖核酸）和RNA（核糖核酸）兩類，它們共同執掌著細胞的新陳代謝，核酸作為生命的根源是遺傳因子的本體，能完全控制細胞的分裂、成長與能量的產生。生命從誕生到死亡，均受核酸支配。與基因密切聯系的真正在幕後操縱生命的，是一個嶄新的概念———核酸。現代遺傳學家認為，基因是DNA(脫氧核糖核酸)分子上具有遺傳效應的特定核苷酸序列的總稱，是具有遺傳效應的DNA分子片段。基因位於染色體上，並在染色體上呈線性排列。基因不僅可以通過復制把遺傳信息傳遞給下一代，還可以使遺傳信息得到表達。不同人種之間頭發、膚色、眼睛、鼻子等不同，是基因差異所致。
� 人類只有一個基因組，大約有5-10萬個基因。人類基因組計劃是美國科學家於1985年率先提出的，旨在闡明人類基因組30億個鹼基對的序列，發現所有人類基因並搞清其在染色體上的位置，破譯人類全部遺傳信息，使人類第一次在分子水平上全面地認識自我。計劃於1990年正式啟動，這一價值30億美元的計劃的目標是，為30億個鹼基對構成的人類基因組精確測序，從而最終弄清楚每種基因製造的蛋白質及其作用。打個比方，這一過程就好像以步行的方式畫出從北京到上海的路線圖，並標明沿途的每一座山峰與山谷。雖然很慢，但非常精確。
� 隨著人類基因組逐漸被破譯，一張生命之圖將被繪就，人們的生活也將發生巨大變化。基因葯物已經走進人們的生活，利用基因治療更多的疾病不再是一個奢望。因為隨著我們對人類 本身的了解邁上新的台階，很多疾病的病因將被揭開，葯物就會設計得更好些，治療方案就能「對因下葯」，生活起居、飲食習慣有可能根據基因情況進行調整，人類的整體健康狀 況將會提高，二十一世紀的醫學基礎將由此奠定。
� 利用基因，人們可以改良果蔬品種，提高農作物的品質，更多的轉基因植物和動物、食品將問世，人類可能在新世紀里培育出超級物作。通過控制人體的生化特性，人類將能夠恢復或修復人體細胞和器官的功能，甚至改變人類的進化過程。
「基因」這個詞是英文「gene」的中文音譯，這個譯名同「可口可樂」一樣非常傳神。就是「基本因子」的意思，對於生物體而言，最重要的是要能繁衍後代，把自己的「生命」遺傳下去，因此生物體的「基本因子」就是負責遺傳的東西，其本質就是我們常說的DNA；換句話說，父母都是通過基因（DNA）把他們各自的特徵性狀遺傳給後代的。
那麼基因究竟是什麼呢？現代分子生物學知識告訴我們，基因其實就是一小段DNA，通過這一段東西可以製造出各種蛋白質，比如說行使各種功能的酶，通過這些蛋白質進行各種反應，完成生命過程。了解了這些以後，我們很容易就能理解各種遺傳現象了，比如兒子為什麼會長得象父母，是因為兒子身上繼承了父母的基因，這些基因控制的蛋白質會完成與父或母相似的生命現象（但不完全相同，因為除了父親的基因還有母親的基因，所以都有些像，或相貌、或性格、或其他的）。不同的生物體所擁有的基因數目也不同，比如說人的基因據估計有10萬個以上，而有的微生物則只有不到100個基因。既然基因這么重要，那麼人們很快就想到利用基因來為人類服務了，於是，「基因工程」就應運而生了。談到「工程」，人們很容易聯想到建房子之類的事情，實際上這種聯想非常正確，只不過這里建的不是房子，而是新的生物體，用的不是磚瓦，而是基因而已。簡單地說，基因工程就是利用對基因的操作來改變生物體的生物性狀，以達到更好地為人類生活服務的目的。比如說，以前小麥中賴氨酸含量較低，而賴氨酸對人體來說有是必需的，於是人們要做加賴氨酸的麵包，即在做麵包時外加一些氨基酸。著顯然不是長久的解決策略，基因工程則可以為此提供良好的解決辦法。科學家們只要找到一個基因，而這個基因製造出來的蛋白質富含賴氨酸，那就可以把這個基因轉到小麥里去，這樣小麥中就會因為有這個外來的基因而製造出很多富含賴氨酸的蛋白質來，這種麵粉做的麵包就不會缺賴氨酸。這種對基因的操作最重要的好處是所獲得的性狀可以遺傳，也就是說，後代也會帶有新的生物學特徵。再舉個例子，棉花生產的最大敵人是棉鈴蟲，每年因棉鈴蟲造成的棉花產量損失很大，而噴灑農葯不但對環境造成很壞的影響，而且殘留的農葯對棉花的質量也有影響。怎麼辦呢？科學家們經過研究，發現一種叫蘇雲金桿菌的細菌體內有一種毒素蛋白，它可以殺死棉鈴蟲，但對人及其他哺乳動物卻沒有損害。人們進而從細菌體內找著了那個製造這種毒素的蛋白基因，然後把這個基因轉到棉花中，讓棉花也製造這種毒素蛋白。結果正如人們預料的那樣，棉鈴蟲再也不敢吃這種基因工程改造過的棉花了，因為一吃它就會被毒死，棉花的產量就此得到提高。
說到這里你也許已經明白了，基因工程實際上是在做改良品種的工作：在農業上，製造出高產、高抗病性、高抗磁性、品質好的農作物新產品；在畜牧業中，製造出產量高、品質好、增重快的禽畜新品種；在醫葯工業中則是利用細菌、酵母等易於快速增殖的微生物生產出人類需要的各種蛋白葯物，降低成本，提高作用結果。應該說，基因工程為人類的生活描繪了一幅美好的前景圖畫。當然，萬事有其利則有其弊，雖然目前人們對於基因工程改良的品種的長期後果還不清楚，但人們已經對其可能存在的危險給予了重視。現在，世界各國均已制定了各種相關法規來規范基因工程產品的管理。